教育背景
分子生物学与病毒学.D. ——康奈尔大学
细胞生物学AB -加州大学伯克利分校
课程
- BY476/BY576 -生物学和医学的当前主题
- BY488/BY588 -干细胞和再生医学
研究兴趣
我们的研究方向是发育基因组学和再生医学的新领域，重点是控制脊柱发育的分子机制，并强调早期胚胎发生和胚胎干细胞对特定分化途径的承诺, 而是从一个全新的系统生物学的角度来看. 我们用老鼠和斑马鱼作为模型动物. 特别是，我们正在努力了解基因调控网络(grn)控制脊柱和椎间盘(IVD)的正常胚胎发育。. 我们正在研究转录调节因子在限制多能胚胎干细胞进入特定谱系中的作用，这些谱系反过来又包括功能性的产前和产后椎体元素，目的是将这些知识应用于使用患者特异性诱导多能干细胞(iPS)和成体间充质干细胞的再生医学.
腰痛(LBP)的发病率非常高，是全世界社会和财政关注的一个原因. 仅在美国, LBP的经济影响表明，它是45岁以下人群限制生活方式的头号原因, 医生见过的第二大投诉, 第三大手术原因和第五大住院需求. LBP的经济影响是惊人的, 超过了冠状动脉疾病的费用和中风的总费用, 呼吸道感染, 类风湿疾病和糖尿病的总和. 美国每年的直接医疗费用超过300亿美元. 最常, 腰痛是由椎间盘退行性改变引起的, 椎间盘突出, 创伤和骨折. 外科医生有许多方法来修复受损的椎间盘. 最常见的策略是缓解疼痛, 但不能防止椎间盘进一步退变, 或完全恢复椎间盘功能. 因此，这些外科手术并不理想, 因为它们不能防止受损的脊柱进一步退变.
我们目前的重点是和平, Sox, Bapx和Runx grn在细胞向形成胎儿骨骼的软骨/成骨细胞谱系的承诺中的作用. 我们的目标是为胚胎骨骼发育建立一个统一的GRN，因为它与脊柱有关，并利用这一知识指导iPS细胞走向具有临床意义的命运，并为逆转创伤和年龄相关的脊柱退变提供资源. 特别是IVD. 我们的方法是多学科、协作和技术驱动的. 我们已经非常成功地开发了新的实验策略，将现代分子遗传学和转基因方法与最新的生物信息学和基因组学技术(如比较基因组学)结合在小鼠和斑马鱼身上, 微阵列, Ditag-Seq, ChIP-Seq, RNA-Seq等. 通过将这些方法应用于发育中的胚胎, 我们展示了如何产生相关的生物学数据来解释器官发生中的多效效应，并最终将这些方法与多个相互关联的基因同时结合起来, 我们已经展示了如何详细的网络图可以阐明发展中的脊柱, 重申在复杂过程中建立基因调控网络的重要性.
近几十年来，发育生物学家已经成功地确定了一些控制脊柱发育的分子水平机制, 比如决定细胞命运的基因, 但在其他同样重要的领域，如图案设计方面，进展相对较少, 形态发生, 尺寸控制和再生. 这次失败有一个主要原因. 这些问题不能用一个基因的还原论逻辑来回答, 一个突变体, 一个表型, 一个函数. 理解这些现象将需要更多的系统生物学方法，使用基因组方法来观察多个基因及其在原生体内环境中的综合活性.
Patents
- U.S. Patent. 6030794. 基因工程小鼠和细胞系含有编码维甲酸受体和类维甲酸X受体蛋白基因的改变. 文档发布日期:2000-02-29
- U.S. Patent. 6031149. 基因工程小鼠含有维甲酸受体蛋白编码基因的改变. 文档发布日期:2000-02-29
- U.S. Patent. 6486381. 基因工程小鼠含有维甲酸受体蛋白编码基因的改变. 文档发布日期:2002-11-2
- U.S. Patent. 20090233986A1. Sax2基因的使用方法及组成. 文档发布日期:2009-09-17
- U.S. Patent. 20110165570A1. 影响细胞去分化的方法. 文档发布日期:2011-07-07
出版物
- NCBI出版作品完整列表: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/myncbi/thomas.lufkin.1/bibliography/public/
- Kraus P, Samanta A, Lufkin S, Lufkin T. 干细胞在椎间盘再生中的应用——多说少做?. Biocell. 2021 Dec 15;46(6):893-898. DOI:10.32604 / biocell.2022.018432. PubMed PMID: 34966192
- 李国强，李国强，李国强，李国强. 用单细胞分辨率同时检测牛IVD细胞和组织中的多种mrna和蛋白. Biotechnol列托人. 2021年1月,43(1):24里面. DOI: 10.1007/s10529-020-02997-9. Epub 2020 9月9日. PubMed PMID: 32902710
- 刘建军，刘建军，刘建军，刘建军. 用于椎间盘修复和再生的肽基生物材料. 编辑:Guler MO. Peptide-based Biomaterials [Internet] London: Royal Society of Chemistry; 2021. Chapter 13; p.429–458. DOI:10.1039/9781839161148-00429.
- 关玲，余文伟，Shrestha S, Or YZ, Lufkin T，陈永元，林伟林，林立伟. TTC9A缺乏诱导雌二醇介导的雌性小鼠海马和杏仁核神经可塑性相关基因表达的变化. 脑力牛. 2020年4月;157:162 - 168. DOI: 10.1016/j.brainresbull.2020.02.004. Epub 2020 2月10日. PubMed PMID: 32057953.
- Li, K., D. Kapper, B. Youngs, V. Kocsis, S. Mondal, P. 克劳斯和T. Lufkin，在单细胞水平鉴定成熟椎间盘的潜在生物标志物. J Anat, 2019. 234(1): p. 16-32. DOI: 10.1111/joa.12904
- Li, K., D. Kapper, S. Mondal, T. 卢福金和P. Kraus, 生物标志物的定量单细胞转录评估支持牛IVD细胞异质性. 《esball国际app》，2019. 6(2): p. 1-19. DOI: 10.3390 / vetsci6020042
- Kraus, P., K. Li, D. Sipes, L. Varden, R. Yerden, A. 亨德森,年代. 和T. Lufkin, 复杂异质组织的单细胞表型, 《单细胞技术手册, T.S. Santra和F.-G. 曾、编辑. 2019年，Springer新加坡:新加坡. p. 1-17. DOI: 10.1007/978-981-10-4857-9_16-1. ISBN 978-981-10-4857-9
- Sivakamasundari V., P. 克劳斯和T. Lufkin, Pax1和Pax9在哺乳动物细胞中的调控功能, 哺乳动物细胞中基因表达与调控的研究——转录迈向新疗法的建立, A. Sebata，编辑2018,InTech: Rijeka. p. Ch. 9, 181-207. DOI: 10.5772 / intechopen.71920. ISBN 978-953-51-3868-6
- Kraus, P., R. Yerden, D. Sipes, S. 和T. Lufkin, 单细胞分辨率细胞培养的定量和定性RNA表达谱分析. Cytotechnology 2018. 70(1): p. 185-192. DOI: 10.1007/s10616-017-0132-1
- Kraus, P., V. Sivakamasundari V. Olsen, V. 维伦纽夫,. Hinds和T. Lufkin, Klhl14反义RNA是椎间盘发育过程中关键成骨转录因子的靶标. 《脊柱》(费城出版社1976)，2018年版. DOI: 10.1097/BRS.0000000000002827
- Sivakamasundari V., P. Kraus, W. Sun, X. Hu, S.L. Lim, S. 普拉巴卡和T. Lufkin, 胚胎椎间盘发育中Pax1和Pax9的发育转录组学分析. 生物学报，2017. 6(2): p. 187-199. DOI: 10.1242/bio.023218
- Nusspaumer G., S. 贾斯瓦尔,. 巴贝罗,R. 莱因哈特,D. Ishay Ronen, A. Haumer, T. Lufkin, I. 马丁和R. Zeller, 小鼠肢体和长骨发育过程中间充质间质细胞群的鉴定与分析. 干细胞报告，2017. 9(4): p. 1124-1138. DOI: 10.1016/j.stemcr.2017.08.007
- 《esball国际app》更具批判精神,M., A. Javed, V. Sivakamasundari, M. Ganesan L.T. Ang, P. Kraus, T. Lufkin, K.M. 哦，还有B. 多能Sox9(+)小鼠肺祖细胞的分离和三维扩增. Nat Methods, 2017. 14(12): p. 1205-1212. DOI: 10.1038/nmeth.4498
- 《esball国际app》更具批判精神,M., A. Javed, V. Sivakamasundari, M. Ganesan L.T. Ang, P. Kraus, T. Lufkin, K.M. 哦，还有B. Lim, 多能Sox9+小鼠胚胎肺祖细胞的三维培养:分离, 膨胀和冷冻保存. 协议交换，2017. DOI: 10.1038 / protex.2017.106
- Lee, W.J., S. Chatterjee,年代.P. Yap, S.L. Lim, X. Xing, P. Kraus, W. Sun, X. Hu, V. Sivakamasundari H.Y. Chan, P.R. Kolatkar,年代. 普拉巴卡和T. Lufkin, 综合发育基因组学和系统生物学方法鉴定小鼠胚胎中Sox三联体介导的基因调控网络. 生物医学工程学报，2017. 2017: p. 8932583. DOI: 10.1155/2017/8932583
- Kraus, P., R. Yerden, V. 科西斯和T. Lufkin, 非酶源性牛椎间盘细胞系的RNA原位杂交鉴定提示祖细胞潜能. 组织化学学报，2017. 119(2): p. 150-160. DOI: 10.1016/j.acthis.2016.12.004
- Kraus, P. and T. Lufkin, 基于干细胞再生医学方法治疗人椎间盘退变的意义. 《esball国际app》，2017. 5: p. 17. DOI: 10.3389 / fcell.2017.00017
- Lim, L.W., S. Shrestha Y.Z. Or, S.Z. Tan, H.H. Chung, Y. Sun, C.L. Lim, S. Khairuddin T. 卢福金和V.C. 四肽重复结构域9A调节雌性小鼠的焦虑样行为. 科学代表，2016. 6: p. 37568. DOI: 10.1038 / srep37568
- Kumar, V., N.A. Rayan, M. Muratani,年代. Lim, B. Elanggovan X. Lixia, T. Lu, H. Makhija J. Poschmann T. Lufkin, H.H. Ng, and S. Prabhakar, 综合基准分析显示H2BK20乙酰化是细胞状态特异性增强子和启动子的独特标志. 基因组研究，2016. 26(5): p. 612-23. DOI: 10.1101/gr.201038.115
- Kraus, P. and T. Lufkin，从椎间盘分离的牛纤维环细胞系. 基因组学数据，2016. 10: p. 83-89. DOI: 10.1016/j.gdata.2016.09.012
- Chatterjee,年代., P. Kraus, V. Sivakamasundari,年代.P. Yap, V. Kumar, S. 普拉巴卡和T. Lufkin，小鼠Bapx1和Sox9蛋白在体内和体外的基因组宽结合(ChIP-Seq). 基因组学数据，2016. 10: p. 51-59. DOI: 10.1016/j.gdata.2016.09.002
- Shrestha,年代., Y. Sun, T. Lufkin, P. Kraus, Y. Or, Y.A. Garcia, N. Guy, P. Ramos, M.B. Cox, F. Tay和V.C. 四肽重复结构域9A负调控雌激素受体α活性. 国际生物科学杂志，2015. 11(4): p. 434-47. DOI: 10.7150/ijbs.9311
- Kraus, P., C.L. Winata和T. 转基因斑马鱼的转录启动子和增强子研究. 方法中华医学杂志，2015. 1227: p. 245-58. DOI: 10.1007/978-1-4939-1652-8_12
- Kraus, P., V. Kocsis, C. 威廉姆斯,B. 杨斯和T. Lufkin, 平板原位杂交(PISH)是一种既省时又经济的RNA表达方法，可在单细胞分辨率下研究培养小鼠细胞群体的表型异质性. 生物技术通讯，2015. 37(8): p. 1573-1577. DOI: 10.1007/s10529-015-1833-1
- Chatterjee,年代., V. Sivakamasundari P. Kraus, S.P. Yap, V. Kumar, S. 普拉巴卡和T. Lufkin, 野生型和无胚小鼠胚胎中表达FACS分选细胞的基因表达谱. 基因组学数据，2015. 5: p. 103-105. DOI: 10.1016/j.gdata.2015.05.031
- Yeo, J.C., J. Jiang, Z.Y. Tan, G.R. Yim, J.H. Ng, J. Goke, P. Kraus, H. Liang, K.A. 冈萨雷斯,H.C. Chong, C.P. Tan, Y.S. Lim, N.S. Tan, T. 卢福金和H.H. Klf2是维持基态多能性的重要因子. 细胞干细胞，2014. 14(6): p. 864-872. DOI: 10.1016/j.stem.2014.04.015
- Kraus, P., S. V, H.B. Yu, X. Xing, S.L. Lim, T. Adler, J.A. 皮门特尔,. Becker, A. Bohla, L. 加勒特,W. Hans, S.M. Holter, E. Janas, K. Moreth, C. Prehn, O. Puk, B. Rathkolb J. Rozman, J. 亚当斯基,R. Bekeredjian D.H. Busch, J. Graw, M. Klingenspor T. Klopstock所说,F. Neff, M. Ollert, T. Stoeger,.O. 阿,Yildrim. Eickelberg E. Wolf, W. Wurst, H. Fuchs, V. Gailus-Durner, M.H. 德·安吉利斯，T. 卢福金和L.W. 转录因子Zscan10的多效功能. PLoS ONE, 2014. 9(8): p. e104568. DOI: 10.1371 /杂志.pone.0104568
- Kraus, P., V. Sivakamasundari X. 邢、T. 生成用于谱系追踪和基因敲除研究的小鼠系. 方法中华医学杂志，2014. 1194: p. 37-62. DOI: 10.1007/978-1-4939-1215-5_3
- Chatterjee,年代., V. Sivakamasundari,年代.P. Yap, P. Kraus, V. Kumar, X. Xing, S.L. Lim, J. Sng, S. 普拉巴卡和T. Lufkin, 多种组织的体内全基因组分析鉴定基因调控网络, 哺乳动物脊柱中Bapx1的新功能和下游调控基因及其与Sox9的共调控. BMC Genomics, 2014. 15(1): p. 1072. DOI: 10.1186/1471-2164-15-1072
- Sng, J. and T. 第17章:干细胞治疗的进展，在多能干细胞，N. Lenka，编辑，2013,InTech: Rijeka. p. 375-396. DOI: 10.5772/55061. ISBN 978-953-51-1192-4
- Sivakamasundari V. and T. Lufkin, 阻止退变:IVD干细胞和干细胞再生治疗退行性椎间盘疾病. 干细胞进展，2013. 文章编号724547:p. 1-22. DOI: 10.5171/2013.724547
- Sivakamasundari V., P. Kraus, S. 杰、T. Lufkin, Pax1(EGFP):用于分子和命运定位研究的新的野生型和突变型EGFP小鼠系. 遗传与发育学报，2013. 51(6): p. 420-9. DOI: 10.1002/dvg.22379
- Ng, J.H., V. Kumar, M. Muratani P. Kraus, J.C. Yeo, L.P. Yaw, K. Xue, T. Lufkin, S. 普拉巴卡和H.H. 生殖细胞的体内表观基因组分析揭示了生殖细胞的分子特征. 《esball国际app》，2013. 24(3): p. 324-33. DOI: 10.1016/j.devcel.2012.12.011
- Kumar, V., M. Muratani N.A. Rayan, P. Kraus, T. Lufkin, H.H. Ng, and S. Prabhakar，深度测序数据映射的统一优化信号处理. 自然生物技术，2013. 31(7): p. 615-22. DOI: 10.1038/nbt.2596
- Kraus, P., V. Sivakamasundari,年代.L. Lim, X. Xing, L. Lipovich和T. Lufkin，解释Dlx1反义RNA. 发育生物学，2013. 376: p. 224–235. DOI: 10.1016/j.ydbio.2013.01.035
- Chatterjee,年代., P. Kraus, V. Sivakamasundari X. Xing, S.P. Yap, S. 杰、T. Lufkin, 使用增强绿色荧光蛋白对Sox9功能丧失细胞进行谱系追踪的条件小鼠系. 生物技术通讯，2013. 35(12): p. 1991-6. DOI: 10.1007/s10529-013-1303-6
- Sng, J. and T. 《esball国际app》. 国际遗传研究，2012. 2012 Article ID 748698: p. 1-9 Epub 2012 12月4日. DOI: 10.1155/2012/748698
- Sng, J. and T. 新兴干细胞疗法:治疗、安全性和生物学. 干细胞国际，2012. 2012: p. 521343. DOI: 10.1155/2012/521343
- Sivakamasundari V. and T. 弥合差距:理解胚胎椎间盘发育. Cell & 发育生物学，2012. 1(2): p. 1-7. DOI: 10.4172/cdb.1000103
- Sivakamasundari V., H.Y. Chan, S.P. Yap, X. Xing, P. 克劳斯和T. Lufkin，用于谱系追踪和条件敲除研究的新Bapx1(Cre-EGFP)小鼠系. 遗传与发育学报，2012. 50(4): p. 375-83. DOI: 10.1002/dvg.20802
- Lee, W.J., P. 克劳斯和T. Lufkin, 用血凝素内源性标记小鼠转录因子Sox5进行功能研究. 转基因研究，2012. 21(2): p. 293-301. DOI: 10.1007/s11248-011-9531-9
- Lee, M.Y. and T. Lufkin, “三步MACS”的发展:一种在缺乏已知细胞表面标记的情况下从复杂动物组织中分离稀有细胞群的新策略. 生物工程学报，2012. 23(2): p. 69-77. DOI: 10.7171/jbt.12-2302-003
- Kraus, P., X. Xing, S.L. Lim, M.E. Fun, V. Sivakamasundari,年代.P. Yap, H. Lee, R.K. Karuturi和T. Lufkin, 胚胎Illumina芯片表达谱分析小鼠品系特异性基因表达差异. BMC Research Notes 2012. 5: p. 232. DOI: 10.1186/1756-0500-5-232
- Chatterjee,年代., V. Sivakamasundari W.J. Lee, H.Y. Chan和T. 《esball国际平台客户端》. 发育生物学进展，2012. 6: p. 45-52. DOI: 00000
- Chatterjee,年代. and T. 调控基因组学:来自斑马鱼的见解. 遗传学报，2012. 5: p. 1-10. DOI: 00000